Для того, чтобы создать архив файлов сайта (с исключениями) можно использовать следующую команду:

zip ../ИмяАхива.zip -r . -x «ПапкаИсключение1/*» «ПапкаИсключение2/*»

Данная команда создает zip архив файлов(помещая его в директорию выше текущей), включая все папки по подпапки(-r), включая скрытые файлы(.), и исключив содержимое двух папок. (-x «ПапкаИсключение1/*» «ПапкаИсключение2/*»)